PacBioSMRT资助名单出炉,三位科学家享受免费测序
2020-03-19   阅读:491   来源:生物通

PacBio公司提供高度准确的长读长(HiFi Reads),在读长达到15-20 kb的情况下,其准确性可与Sanger测序媲美( 99%),满足组装复杂基因组的需要。为了庆祝这种新模式,PacBio于2019年秋季启动了2019 HiFi for All SMRT资助活动。这项资助活动向全球科学家开放,有三个名额,最多可获得6张8M SMRT芯片的免费测序。

本周,PacBio宣布了HiFi for All SMRT资助活动的三位获奖者。下面我们就来看看他们打算利用HiFi测序来解决哪些科学问题。

第一位获奖者:Ellie Armstrong(斯坦福大学)

非洲豹是豹的亚种之一,主要分布在非洲。不过由于栖息地的丧失和非法狩猎,这种动物的数量正在逐渐减少,目前已成为濒危物种。而它的遗传信息也很少,Ellie Armstrong计划对非洲豹进行高质量的基因组组装。这些信息对于研究不同亚种的遗传和结构变异非常重要。

Ellie Armstrong表示:“我们很高兴与PacBio合作,对非洲豹进行高质量的组装。这种动物神出鬼没,特别适合开发基因组监控工具。它的基因组信息将帮助我们研究其基因组多样性分布和进化史,并了解它们如何适应如此广阔的环境。”

第二位获奖者:Daniel Sheward(开普敦大学)

开普敦大学、南非国家传染病研究所和瑞典卡罗林斯卡研究所的科学家从南非CAPRISA 急性感染队列的150名妇女中采集了1000多个样本,并计划利用PacBio测序技术来开展HIV感染的纵向研究。他们将对所有样本中的病毒进行HiFi测序,以生成最大的纵向收集HIV样本的序列数据库。这些信息将帮助研究界了解病毒的进化、潜伏期、免疫学和疫苗开发。

Daniel Sheward表示:“我们对此项目感到十分兴奋。利用Sequel II系统上的HiFi测序,这一规模的项目将最终变得可行。”

第三位获奖者:Jianjun Liu(新加坡基因组研究所)

通过这项SMRT资助计划,科学家将对三名个体的基因组进行测序,他们分别是华裔、印度裔和马来裔。这是新加坡基因组研究所计划中的一部分,旨在生成亚洲特定人群的参考基因组,以便更好地检出人们携带的变异。通过SMRT资助产生的组装将帮助人们分析结构变异,评估不同的基因组组装工具和调整他们的方法。这些人群特异性的数据将在精准医疗中发挥重要作用。

Jianjun Liu表示:“我们对此项目感到兴奋,非常感谢PacBio和DNA Link的支持。亚洲人群的基因组分析落后于西方人群。我们希望,我们可以通过提供工具和资源来改善这一点。”

如果您也有一些好的idea,别忘了申请2020年的SMRT资助。具体信息可登陆以下网址查看:https://www.pacb.com/smrt-science/smrt-grant/。

©2021年05月15日 16:39:53
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