科学家揭示功能性增强子的功能
2019-11-25   阅读:349   来源:Cell

美国凯斯西储大学医学院PeterC.Scacheri和加州大学JeremyN.Rich研究团队合作发现,功能性增强子调控染色体外原癌基因的扩增。这一研究成果2019年11月21日在线发表在国际学术期刊《细胞》上。

利用新的计算方法,研究人员发现横跨五种癌症的扩增癌基因附近非编码DNA共扩增的显著特征。在胶质母细胞瘤中,EGFR优先与其在来源细胞中的具有活性的两个内源性增强子共同扩增。这些调节元件、它们之间的相互作用及其对细胞适应性的贡献在高水平环状染色体外DNA扩增中也存在。使用CRISPR干扰筛选方法对基因座进行探究,揭示了影响细胞适应性的多种其他因素。

适应性依存关系模式反映了调控元件的重排,以及伴随着染色体外增强子上染色质拓扑结构的重塑。该研究表明,致癌基因扩增受非编码基因组调控依赖性的影响。

据了解,原癌基因附近非编码区的扩增在很大程度上被忽略。

附:英文原文

Title:FunctionalEnhancersShapeExtrachromosomalOncogeneAmplifications

Author:AndrewR.Morton,NergizDogan-Artun,ZacharyJ.Faber,GrahamMacLeod,CynthiaF.Bartels,MeganS.Piazza,KevinC.Allan,StephenC.Mack,XiuxingWang,RyanC.Gimple,QiulianWu,BrianP.Rubin,ShashirekhaShetty,StephaneAngers,PeterB.Dirks,RichardC.Sallari,MathieuLupien,JeremyN.Rich,PeterC.Scacheri

Issue&Volume:November21,2019

Abstract:Non-codingregionsamplifiedbeyondoncogenebordershavelargelybeenignored.Usingacomputationalapproach,wefindsignaturesofsignificantco-amplificationofnon-codingDNAbeyondtheboundariesofamplifiedoncogenesacrossfivecancertypes.Inglioblastoma,EGFRispreferentiallyco-amplifiedwithitstwoendogenousenhancerelementsactiveinthecelltypeoforigin.Theseregulatoryelements,theircontacts,andtheircontributiontocellfitnessarepreservedonhigh-levelcircularextrachromosomalDNAamplifications.InterrogatingthelocuswithaCRISPRinterferencescreeningapproachrevealsadiversityofadditionalelementsthatimpactcellfitness.Thepatternoffitnessdependenciesmirrorstherearrangementofregulatoryelementsandaccompanyingrewiringofthechromatintopologyontheextrachromosomalamplicon.Ourstudiesindicatethatoncogeneamplificationsareshapedbyregulatorydependenciesinthenon-codinggenome.

DOI:10.1016/j.cell.2019.10.039

Source:https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(19)31216-4

#染色体 #癌症 #基因
©2020年04月06日 20:16:32
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